Cette focalisation des établissements sur l’absentéisme comme la principale cause du déficit budgétaire amène paradoxalement un problème de gestion de cet absentéisme.
En effet, si l’absentéisme et la façon dont il est géré représentent tantôt une cause, tantôt une conséquence, cela conduit l’établissement à entrer dans un cercle vicieux. Autrement dit, s’il est essentiellement vu comme une baisse d’effectifs et non une indisponibilité de compétences, les remplacements sont organisés sans prendre en compte le besoin en compétences. Et cette non prise en compte des compétences peut conduire à des glissements de tâches et in fine à un désengagement des collaborateurs. Ainsi, la façon dont l’absentéisme est géré participe de manière directe à la souffrance au travail.
Certains auteurs vont plus loin en posant l’absentéisme comme une réponse du collaborateur à la souffrance au travail, en l’utilisant comme une stratégie qui les aiderait à maintenir un « état physiologique et psychologique raisonnable ». Ce phénomène peut, selon J. Lartigau (2018), être observé au travers du « micro-absentéisme ».